Bulletin de salaire en arrêt maladie : ce qu’il faut savoir et comment le gérer

Un salarié vous remet son arrêt de travail et la question tombe : que faut-il inscrire sur sa fiche de paie ? Le bulletin de salaire en arrêt maladie obéit à des règles précises, qui changent selon que vous pratiquez la subrogation ou non. Voici comment le construire sans erreur.

L’obligation d’établir un bulletin de salaire pendant un arrêt maladie

Le code du travail impose la remise d’un bulletin de paie à chaque versement de rémunération, sans distinguer le motif de l’absence. L’article L3243-2 fixe cette obligation. Dès que votre entreprise verse quelque chose au salarié pendant son arrêt maladie, un complément, un maintien de salaire ou des indemnités reçues par subrogation, la fiche de paie devient obligatoire.

Quand le salarié ne perçoit rien de l’entreprise, la lettre du texte ne crée pas cette obligation. En pratique, les services de paie établissent tout de même un bulletin à zéro : il matérialise l’absence, porte les cotisations restant dues sur la prévoyance complémentaire et évite un trou dans l’historique de paie. Bon à savoir : ce document sans rémunération reste exigible par le salarié.

Ne pas remettre la fiche de paie expose l’employeur à une amende, et le salarié peut réclamer des dommages et intérêts aux prud’hommes. Un arrêt de travail ne suspend donc ni vos obligations déclaratives ni la déclaration sociale nominative du mois. Toutefois, aucun délai particulier ne s’applique : la fiche de paie suit le calendrier habituel de l’entreprise.

Les informations essentielles à retrouver sur le bulletin de paie

Identité du salarié et de l’employeur

Les mentions d’identification ne bougent pas pendant l’arrêt : nom et adresse de l’entreprise, numéro SIRET, code APE, convention collective applicable, puis les coordonnées du salarié, son emploi, sa fonction et sa position dans la classification. C’est la convention collective mentionnée en tête du bulletin qui déterminera plus loin le niveau du maintien, donc autant vérifier qu’elle est à jour.

Période de paie concernée

La période de paie couvre le mois entier, arrêt ou non. Vous y faites apparaître la date de début et la date de fin de l’absence, ainsi que le nombre de jours concernés. Un arrêt à cheval sur deux mois se scinde en deux bulletins, chacun ne portant que les jours qui lui appartiennent. Quand le salarié est en arrêt sur toute la période, la fiche de paie reste éditée en totalité, avec une absence en cours du premier au dernier jour travaillé.

Détail de la rémunération brute

La rémunération brute se reconstitue en trois temps. Le salaire de base apparaît en entier, une ligne d’absence maladie vient le diminuer au prorata des heures non travaillées, puis les éléments de maintien s’ajoutent. Cette présentation en positif puis en négatif déroute les salariés, mais elle permet de retracer le calcul ligne à ligne.

La méthode de valorisation de l’absence relève de votre choix : heures réelles, heures moyennes mensuelles ou jours ouvrés. Gardez la même d’un mois sur l’autre, sous peine de créer des écarts que personne ne saura expliquer plus tard. Attention par exemple aux périodes comportant des jours fériés : la valorisation en heures réelles et celle en jours ouvrés y donnent des résultats différents.

Les IJSS : indemnités journalières de la Sécurité sociale

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) compensent la perte de salaire à partir du quatrième jour d’arrêt. Leur place sur la fiche de paie dépend d’un seul paramètre : qui les encaisse. Sans subrogation, les IJSS n’apparaissent qu’en bas de bulletin, pour information. Avec subrogation, elles transitent par votre paie.

Le montant journalier atteint 50 % du salaire journalier de base, dans la limite de 42,97 euros par jour pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026. Cette indemnité reste identique quel que soit le niveau de rémunération au-delà du plafond, et elle ne varie pas non plus selon la durée de l’arrêt de travail.

Maintien de salaire par l’employeur

Le maintien de salaire figure sur une ligne distincte, libellée complément employeur ou garantie maladie selon les éditeurs. Son montant correspond à l’écart entre la rémunération que le salarié aurait perçue en travaillant et les indemnités journalières versées par la caisse. Cette ligne supporte les cotisations sociales comme un salaire ordinaire.

Les retenues et cotisations (sociales, CSG, CRDS)

Les indemnités journalières échappent aux cotisations sociales classiques, mais elles restent soumises à la CSG à 6,20 % et à la CRDS à 0,50 %, sans abattement d’assiette. Le maintien de salaire, lui, cotise normalement. Ce traitement différencié explique la présence de plusieurs bases de calcul sur un même bulletin de paie.

Quand vous pratiquez la subrogation, les IJSS entrent dans l’assiette CSG-CRDS et la retenue apparaît en déduction du net. Sans subrogation, la CPAM prélève elle-même ces contributions à partir du montant brut avant de payer le salarié, et vous n’avez rien à retenir de ce côté.

Le net à payer avant et après impôts

Le net à payer avant impôt sur le revenu, le montant net social et le net après prélèvement à la source cohabitent depuis 2024 sur tous les bulletins. En cas d’arrêt maladie, le montant net social n’intègre que ce que verse l’entreprise : les indemnités payées directement par la caisse en sont exclues, ce qui déroute les salariés au moment de déclarer leurs ressources.

Mentions spécifiques à l’arrêt maladie

Trois mentions signalent l’arrêt : la ligne d’absence avec ses dates, le cumul des jours indemnisés sur les douze derniers mois et, le cas échéant, l’indication de la subrogation. Certains logiciels ajoutent le solde du droit à maintien restant, information précieuse quand les arrêts se répètent chez un même salarié. Les compteurs de congés payés apparaissent au même endroit, comme pour un congé maternité : l’acquisition se poursuit pendant la suspension du contrat.

Les deux scénarios de gestion du bulletin de paie en arrêt maladie

Cas n°1 : Le bulletin de paie sans subrogation

Sans subrogation, la CPAM verse les indemnités journalières directement au salarié. Votre fiche de paie ne porte alors que le salaire de base amputé de l’absence et, si l’ancienneté y ouvre droit, le complément employeur calculé en net garanti. Les IJSS restent hors du brut.

Ce montage réclame de la vigilance : vous devez estimer les indemnités que va percevoir le salarié pour calculer votre complément, alors que la caisse ne communique pas toujours ses décomptes dans les délais. Une régularisation à la fin de l’arrêt solde les écarts constatés, et le salarié peut en faire la demande s’il constate un manque suite au versement.

Cas n°2 : Le bulletin de paie avec subrogation

Avec subrogation, l’entreprise perçoit les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale à la place du salarié et lui verse une rémunération quasi normale. Le bulletin de paie affiche alors les IJSS en positif dans le brut, puis leur montant en déduction du net, puisque vous les avez déjà encaissées.

La subrogation devient obligatoire dès que le maintien de salaire atteint le montant des indemnités journalières. Elle simplifie la vie du salarié, qui garde un versement régulier à date fixe, mais elle vous impose de suivre les paiements de la caisse mois après mois.

Calculer et déclarer les IJSS : les points clés

Comprendre le rôle des IJSS

Les indemnités journalières remplacent une partie du salaire pendant la suspension du contrat de travail. Elles relèvent de l’assurance maladie, pas de l’entreprise : la Sécurité sociale les finance sur les cotisations, et l’employeur n’intervient que comme déclarant, puis comme intermédiaire de versement en cas de subrogation.

Votre rôle passe par un document unique, l’attestation de salaire dématérialisée. Transmise à la CPAM dès réception de l’arrêt de travail, elle fournit les éléments de rémunération qui serviront au calcul. Une attestation de salaire incomplète bloque le dossier et retarde le premier versement de plusieurs semaines.

Les conditions de versement des IJSS

Trois conditions ouvrent le droit à indemnisation : un arrêt prescrit par un médecin au vu de l’état de santé du salarié, son envoi à la caisse sous 48 heures et une activité suffisante avant l’arrêt, soit 150 heures travaillées sur les trois derniers mois. Un délai de carence de trois jours s’applique ensuite à chaque nouvelle prescription d’arrêt maladie.

L’accident du travail et la maladie professionnelle échappent à ce délai de carence. L’indemnisation démarre dès le lendemain de l’accident, et le taux grimpe à 60 % du salaire journalier de base pendant les 28 premiers jours, puis à 80 % au-delà. En cas d’arrêt consécutif à un accident du travail, l’employeur doit aussi transmettre une déclaration d’accident sous 48 heures.

Le calcul des IJSS : une base pour le bulletin de paie

La caisse retient les trois derniers salaires bruts précédant l’arrêt, les divise par 91,25 pour obtenir le salaire journalier de base, puis applique le taux de 50 %. Le résultat est plafonné : depuis le 1er juillet 2026, l’indemnité journalière ne dépasse pas 42,97 euros, ce qui correspond à un salaire mensuel brut de 2 613,83 euros.

Ce plafond pèse lourd sur les hauts salaires. Un cadre à 4 000 euros brut par mois touchera la même indemnité qu’un salarié payé 2 613 euros, d’où l’intérêt d’une prévoyance complémentaire pour combler l’écart. C’est un point que les salariés découvrent souvent au premier arrêt.

Le maintien de salaire : une obligation de l’employeur ?

Les règles légales du maintien de salaire

L’article L1226-1 du code du travail, issu de la loi de mensualisation, oblige l’employeur à compléter les indemnités journalières versées par la caisse. Le salarié perçoit alors 90 % de sa rémunération brute pendant une première période, puis les deux tiers, soit 66,66 %, sur une seconde période de même durée.

L’impact de la convention collective sur le maintien de salaire

Beaucoup de branches retiennent des règles plus favorables que la loi : maintien intégral du net, durée allongée, carence supprimée. Un accord d’entreprise peut aussi améliorer le dispositif. Vérifiez votre convention avant d’appliquer le minimum légal, car ce sont les dispositions les plus favorables au salarié qui s’imposent.

L’ancienneté, facteur déterminant du maintien de salaire

Le maintien légal réclame un an d’ancienneté dans l’entreprise au premier jour de l’arrêt. En dessous, le salarié ne touche que les indemnités journalières, sauf convention collective plus généreuse. La durée d’indemnisation s’allonge ensuite de dix jours par tranche de cinq ans d’ancienneté, jusqu’à 90 jours par période, appréciés sur douze mois glissants.

Les délais de carence à considérer

Deux carences se superposent et se confondent souvent. Celle de la Sécurité sociale couvre les trois premiers jours de l’arrêt, celle du maintien légal les sept premiers : le complément employeur ne démarre qu’au huitième jour d’absence. Un accident du travail échappe aux deux, l’indemnisation courant dès le premier jour.

De nombreuses conventions réduisent ou suppriment cette carence. Attention à ne pas transposer la règle d’une branche à l’autre, une erreur qui se paie en rappels de salaire, parfois sur plusieurs années. En cas de doute, la fédération professionnelle de votre secteur répond à ce type de demande.

Comment le bulletin de paie reflète l’arrêt maladie ?

Lu de haut en bas, un bulletin de salaire en arrêt maladie raconte la même histoire dans les deux scénarios : le salaire de base intact, l’absence retirée, puis les mécanismes de compensation qui reconstituent tout ou partie de la rémunération. Seule la place des indemnités journalières change.

Cette lecture sert aussi de contrôle, encore faut-il savoir où regarder. Si le net à payer s’écarte fortement du net habituel alors que le salarié bénéficie d’un maintien intégral, cherchez l’erreur du côté de la valorisation de l’absence ou d’un décompte d’indemnités mal saisi.

Conservez enfin les décomptes de la caisse à côté de chaque fiche de paie. En cas de contrôle URSSAF ou de contestation du salarié, ces documents justifient chaque ligne et vous évitent de reconstituer un dossier vieux de plusieurs mois.

Questions fréquentes sur le bulletin de salaire en arrêt maladie

Faut-il envoyer un bulletin de salaire si le salarié ne perçoit rien ?

La loi ne l’impose qu’au moment du paiement d’une rémunération. Dans les faits, un bulletin à zéro reste recommandé : il trace l’absence, porte les éventuelles cotisations de prévoyance et rassure le salarié sur la gestion de son dossier.

Comment la subrogation affecte-t-elle le bulletin de paie ?

Elle fait transiter les indemnités journalières par votre paie. Elles apparaissent deux fois : en positif dans le brut soumis à CSG, puis en déduction du net à payer, puisque l’entreprise les a déjà encaissées auprès de la caisse.

Peut-on travailler pendant un arrêt maladie ?

Non, sauf temps partiel thérapeutique prescrit par le médecin et validé par la caisse, une fois l’état de santé compatible avec une reprise progressive. Travailler pendant un arrêt classique expose le salarié au remboursement des indemnités et à une sanction disciplinaire.

Que se passe-t-il en cas de maladie professionnelle ?

La maladie professionnelle suit le régime de l’accident du travail : aucune carence, indemnités à 60 % du salaire journalier les 28 premiers jours, puis 80 %, et protection renforcée contre le licenciement. Le bulletin distingue ces absences de l’arrêt maladie ordinaire.